Isabelle Daups se tourne au début de sa carrière vers le répertoire de la musique de chambre pour flûte et harpe. Elle y explorera avec le flûtiste Benoît Bessé les principales œuvres du répertoire classique pour cette formation (Bach, Haendel, Quantz, Mozart, Spohr, Berlioz, Doppler, Fauré, Saint-Saëns, Debussy, Ravel, Ingelbrecht, Bartók, Ibert, Jolivet…).
 
De 1986 à 1990, elle est alternativement harpiste au sein de l’Orchestre de la Société des Concerts d’Orléans, du Jeune Orchestre de Chambre d’Orléans, de l’Orchestre des Jeunes du Centre, de l’Orchestre de Chambre Bernard Thomas où elle joue sous la direction de Jean-Marc Cochereau, Pierre-Alain Biget, Marc Soustrot, Jean Nirouet et Michel Piquemal.
 
En 1990 Isabelle Daups choisit son répertoire de prédilection : la musique contemporaine. Elle puise ce goût prononcé pour « l’aventure sonore » dans diverses influences : la pratique dans sa jeunesse de la danse contemporaine, marquée par la personnalité de la danseuse et chorégraphe Odile Duboc, une curiosité pour l’art contemporain, le désir d’un engagement politique de l’artiste dans la société de son temps et l’envie de faire sortir la harpe de son image d’Epinal. Ce nouveau regard porté sur l’instrument l’amène à s’engager pour la création, la diffusion d’un répertoire et la reconnaissance de la harpe contemporaine.
 
Avec sa rencontre en 1995 avec Florentino Calvo et Jean-Marc Zvellenreuther et la fondation du Triopolycordes en 1996, c’est le début d’une longue période de créations pour la formation elle-même et pour chacun des instruments du trio. Isabelle Daups est dédicataire de deux œuvres pour harpe de concert (R. Campo, I. Bellocq), deux œuvres pour harpe celtique (F. Rossé, I. Khaladji) et un concerto pour harpe et ensemble à plectres (F. Laurent). Par ailleurs, elle participe à des créations en grand ensemble et à des spectacles alliant les arts plastiques ou les arts de la scène (Le casino des Trépassés). Elle s’engage de 2006 à 2008 avec les Jeunes Solistes sous la direction de Rachid Safir (Solistes XXI) pour la création, l’enregistrement et la diffusion du Miserere de Klaus Huber.
 
Dès 1999, elle enregistre pour le label La Follia Madrigal les plus importantes œuvres écrites pour le Triopolycordes ainsi que les Cinq pièces pour harpe de Bernard Cavanna. En 2003, elle crée et enregistre avec Ivan Bellocq, Aréthuse pour flûte et harpe celtique de Thérèse Brenet (label Galun Records) ainsi qu’un Divertimento de Hans Gal pour mandoline et harpe avec Florentino Calvo (label La Follia Madrigal). En 2016, elle participe à une monographie du compositeur Alain Besson avec une œuvre créée et enregistrée en 1998 avec Françoise Ducos, Khi pour flûte et harpe (label Disques Coriolan).
 
Comme soliste, en dehors du répertoire du XXIème siècle (Cinq pièces pour harpe de B. Cavanna, Esstal de P. Schoeller) et des œuvres dont elle est dédicataire et qu’elle défend, son attachement se porte sur le répertoire de la première moitié du XXème siècle (Fauré, Caplet, Hindemith, Roussel, Debussy, Ravel, Tailleferre, Britten, Casella…) et sur les œuvres fondatrices du répertoire contemporain après 1960 (Berio, Holliger, Taïra, Tôn Thât Tiêt, Takemitsu).
 
En parallèle, son goût pour le clavecin - qu’elle pratique en amateur - l’amène à explorer le répertoire baroque dont elle adapte certaines pièces, notamment pour ses élèves.